PDB что за файл?

Формат PDB может быть нескольких основных модификаций:

• — расширение PDB (полн. Palm Desktop Database File) представляет собой файл базы данных, ассоциирующийся с платформой Palm OS. ОС Palm – ранняя операционная система, функционирующая на базе различных мобильных устройств. Принципиальная ее особенность – это фактическое отсутствие файловой системы, поэтому хранение и обработка данных производится непосредственно в памяти в рамках СУБД.

Данный формат может быть присвоен как файлам, содержащим набор структурированных данных, так и обычным программным приложениям, которые прошли процесс синхронизации на базе ОС Palm. По своей сути, расширение PDB – репозиторий, которое может содержать практически любой тип данных: текстовый документ, исполнительную программу, файл базы данных и.т.д. Отличить тип внутреннего формата файла ОС Palm позволяет уникальный заголовок в виде специального кода. В качестве PDB формата могут выступать даже электронные справочники (чаще всего MOBI).

Форматирование PDB расширения поддерживается только на базе “родной” ОС Palm, однако воспроизвести его на платформе другой операционной системы можно с использованием некоторых браузеров, самыми популярными среди которых являются XnView и Palm Desktop. Допускается и сетевая загрузка PDB файла посредством специализированных Интернет-ресурсов.

• формат PDB (полн. Protein Data Bank) может выступать в качестве “Базы данных протеинов и белков”. Protein Data Bank – всемирно признанный реестр данных всевозможных типов белков и протеинов. Трехмерные координаты атомов, химический состав, структура компонентов молекул белка – это лишь самый незначительный перечень ключевых параметров, которые может включать в себя стандартный PDB файл.

Основное практическое назначение данного формата – это хранение и обмен данными между пользователем и международным реестром Protein Data Bank.

PDB файлы доступны для визуализации, форматирования и графического наполнения с использованием целого ряда специализированных программных комплексов молекулярного анализа, например, Avogadro или Richardson Lab KiNG.

• PDB файлы также могут относится к категории файлов Program Database (файлы базы данных). Особенностью формата PDB является уникальная структура данных, которая распознается только “родным” для него приложением. Например, PDB файл, скомпилированный посредством плагина Pegasus, будет не доступен в Microsoft Visual Studio.
• расширение PDB (полн. PowerDesigner Database Backup File) представляет собой файл резервной копии базы данных, сгенерированной в PowerDesigner. Основное практическое назначение PDB файла – это восстановление поврежденной или утраченной БД.

Программы для открытия PDB файлов

В зависимости от своего практического назначения и конкретной модификации, PDB расширение может быть сгенерировано и открыто для редактирования с использованием следующих программных комплексов:

Для случаев, когда PDB файл представляет собой файл базы данных, ассоциирующийся с платформой Palm OS, можно воспользоваться следующими программными утилитами:

• в ОС Windows используются DC & Co iSilo, Fictionwise eReader, LLUSoft PDB Explorer, XnView и Palm Desktop;
• на базе ОС Mac PDB будет доступен с применением программных плагинов Fictionwise eReader, PorDiBle, txt2pdbdoc, XnView, Planamesa NeoOffice и Lemkesoft GraphicConverter.

Примечательно, что расширение адаптировано и для использования на платформе Linux c помощью программных приложений txt2pdbdoc и XnView.

Когда PDB файл применяется в качестве “Базы данных протеинов и белков”, могут быть использованы следующие утилиты:

• в ОС Windows – Richardson Lab KiNG, RasMol, Microsoft Internet Explorer with JmolApplet or Protein Workshop applet, Jmol и Avogadro;
• на базе ОС Mac PDB формат будет доступен с применением программных плагинов Apple Safari with JmolApplet or Protein Workshop applet и Avogadro.

Следует отметить, что расширение может использоваться и на платформе Linux c помощью целого комплекса программных приложений, включая Mozilla Firefox with JmolApplet or Protein Workshop applet, Richardson Lab KiNG, RasMol, Jmol и Avogadro.

Если PDB формат относится к категории файлов Program Database (файлы базы данных), то для редактирования файла в ОС Windows можно использовать программы Intuit Quicken, Microsoft Visual Studio 2010 и Mint.com.

Редактирование PDB файлов поддерживается и на базе ОС Mac с помощью Mint.com и Intuit Quicken Essentials for Mac.

Для случаев, когда PDB расширение ассоциируется с категорией файлов резервной копии базы данных, воспроизвести файл на платформе ОС Windows можно с помощью программного комплекса Sybase PowerDesigner.

Если при открытии расширения PDB возникает ошибка, причины могут заключаться в следующем:

• поврежден или инфицирован файл;
• файл не связан с реестром ОС (выбрано некорректное приложение для воспроизведения или не произведена инсталляция конкретного плагина);
• недостаточно ресурсов устройства или ОС;
• поврежденные или устаревшие драйвера.

Конвертация PDB в другие форматы

Несмотря на то, что PDB  расширение имеет большое число самых разнообразных исполнений и модификаций, его конвертация в другие форматы поддерживается только в ряде случаев, в частности, когда PDB файл представляет собой файл базы данных, ассоциирующийся с платформой Palm OS.

С помощью интегрированных в Richardson Lab KiNG, Jmol и Avogadro конвертеров будет доступна трансляция данных:

• из PDB в MOBI;
• из PDB в SVG;
• из PDB в EPUB;
• из PDB в DOC;
• из PDB в TXT;
• из PDB в XLS.

Для того чтобы транслировать данные из PDB, можно воспользоваться одним из онлайн-конвертеров, например, Onlineconvertfree.

Во всех остальных случаях преобразование формата не поддерживается. Попытки конвертации расширения в другой формат могут не только не дать никаких практических результатов, но и повредить исходный файл.

Почему именно PDB и в чем его достоинства?

Приходится констатировать, что PDB-расширение не является столь популярным и востребованным форматом среди обычных пользователей. Однако формат может быть востребован в нескольких узкоспециализированных областях.Он широко используется в качестве:

• файла базы данных, ассоциирующийся с платформой Palm OS;
• “Базы данных протеинов и белков”, где установлены трехмерные координаты атомов, химический состав, структура компонентов молекул белка;
• файлов Program Database (файлы базы данных);
• резервной копии базы данных.